Pantanal znajduje się na terenie stanu Mato Grosso. Położony jest na granicy trzech państw. Z tego też względu ponad osiemdziesiąt procent rezerwatu mieści się na terenie Brazylii, a pozostała część podzielna jest na obszarze państw, jakimi są Paragwaj i Boliwia.
Pantanal jest ogromną niecką, w której to gromadzą się wody z okolicznych wyżyn i gór. Główną rzeką, jaka przepływa przez mokradła jest Paragwaj, do którego to od strony zachodniej spływają wody z terenów Andów, a od wschodniej z Wyżyny Brazylijskiej. Na północy granicę Panatalu wyznacza płaskowyż Chapadas. Pełno tu wody, a do tego jeszcze regularnie pada. Od października do stycznia zalewana jest północna część regionu. Poziom rzek wzrasta wówczas nawet o trzy metry. W tym samym czasie w południowej części panuje susza i niektóre zbiorniki wodne zanikają. Tu gromadzą się ptaki, ze względu na nieograniczone możliwości żerowania. W mają bardziej nawodniona staje się część południowa, w której ptactwo zakłada gniazda. Rezerwat nazywany jest największym oknem parującej wody słodkiej na świecie. Warunki, jakie tutaj panują są idealne dla wielu gatunków zwierząt, a w szczególności dla ptaków. Wśród różnorodnej roślinności znajdziemy tutaj ogromne połacie traw, jest także typowa roślinność bagienna i wodna, kępy traw oraz lasy. W miejscu tym żyje ponad sześćset gatunków ptaków, osiemdziesiąt gatunków ssaków oraz dwieście gatunków ryb. Możemy tutaj spotkać także wydry olbrzymie oraz kajmany. Zwierzęta te bardzo często padają łupem kłusowników. Ale miejsce to przede wszystkim to królestwo ptaków. Samych papug jest tutaj ponad dwadzieścia gatunków. Na istniejących tutaj bagnach spotkać można czaple, ibisy oraz nandu. Typowymi ptakami, jakie tutaj mieszkają są także: czaka laka bura, tukan, ara hiacyntowa, papuga konura czarnogłowa, oraz ślimakojad. Rezerwat ten jest miejscem bardzo przyjaznym dla turystów, wszyscy miłośnicy przyrody mogą sobie urządzić spływy rzekami, nocować w hotelach istniejących na wyspach a także z bliskiej odległości pooglądać życie dzikich zwierząt, które to rzadko można spotkać w Europie. Oczywiście, pamiętać trzeba, aby chronić istniejącą tutaj przyrodę, florę i faunę, bowiem znajdują się one pod ochroną. Istnieją tu gatunki zwierząt, którym to grozi wymarcie.